Koofi a commencé sa carrière politique en 2001 lorsqu'elle a commencé à promouvoir une campagne "Retour à l'école" axée sur le droit des femmes afghanes à l'éducation. En 2002, elle est devenue responsable de la protection de l'enfance à l'UNICEF et, en 2005, elle a été élue représentante parlementaire de la province de Badakhshan, sa région natale située dans les montagnes rurales du nord de l'Afghanistan.